Takashi Natsume har alltid hatt en spesiell tilknytning til den overnaturlige verden, men etter å ha arvet en magisk bok fra bestemoren sin, blir også den overnaturlige verden kjent med ham. Natsume kan se ånder og demoner som forblir skjult for resten av menneskeheten. Denne gaven har alltid skilt ham fra andre, og han har vandret fra slektning til slektning uten å finne sin plass. Nå er han en plaget videregående student som har flyttet til den lille byen hvor bestemoren vokste opp. Her oppdager han at han har arvet mer enn bare synet fra den mystiske Reiko. Etter at han fant bestemors bok, har Natsume blitt forfulgt, hjemsøkt, og nesten omgjort til en delikatesse. Samtidig har han også knyttet sterke vennskap, både med yokai og mennesker. Nå er det imidlertid en av vennene hans som desperat trenger hjelp—men hvordan kan Natsume redde Natori når eksorsisten ikke engang vet hvem han er?