I en verden der monstre kjent som Nemeses herjer fritt, er det en ung gutt som er smittet av et av disse vesenene, og han er fast bestemt på å bekjempe dem. Onde skapninger faller ned fra himmelen, og de eneste som kan stå imot dem er trollmenn – smittede individer som har overlevd korruptjonen fra en Nemesis. Seth, en av disse overlevende, har ikke bare som mål å bekjempe Nemeses, men også å finne den mytiske heimen deres, Radiant, og ødelegge den én gang for alle. Når festligheter i den storartede byen Bôme pågår for å feire utnevnelsen av en fremtredende offiser fra Inkvisisjonen, ser det ut til at Seth - en energisk og målrettet ung mann på jakt etter det gåtefulle Radiant - endelig kan gjenforenes med sine venner Mélie, Ocoho og Doc. Dessverre ankommer en mektig gruppe Domitors, som er imot Inkvisisjonen og dens kamp for å kvitte verden med de smittede, og skaper kaos som hindrer møtet. Som en Infected selv, må Seth alliere seg med et par usannsynlige støttespillere for å konfrontere Domitors i håp om å forhindre en nært forestående katastrofe.
