I "Revolutionary Girl Utena: After the Revolution" blir vi introdusert til tre gripende kortnoveller som finner sted etter Utenas revolusjon. Etter å ha beseiret Akio i den endelige duellen for å redde Anthy, er Utena nå forsvunnet fra verden. Dette setter i gang en rekke intense hendelser på Ohtori Akademi, hvor medlemmene av studentrådet må konfrontere sine egne utfordringer og indre kamper. I en tid med usikkerhet og forandring må hver karakter navigere sin egen vei og finne sin plass i en ny virkelighet, der gamle bånd og verdier blir satt på prøve.
