Skaperen av Vampire Knight, Katsura Hoshino, er tilbake med en fargerik historie satt i det moderne Tokyo, hvor vi følger den dyktige kvinnelige ninjaen Mikage Kirio. Etter å ha blitt vitne til drapet på mesteren hun har viet livet sitt til å beskytte, reiser Mikage til Japan i håp om å starte et nytt og fredelig liv. Men så snart hun ankommer, blir hun involvert i en jakt for å redde Mahito Wakashimatsu, en mann som er under angrep fra en gruppe ninjaer. Denne hendelsen viser seg å være starten på en innviklet intrige knyttet til hans mektige familie. Etter å ha fullført sin siste oppgave som ninja, ønsker Mikage å leve som en vanlig videregående elev. Men skyggene fra hennes fortid truer med å ødelegge den fredelige tilværelsen hun søker. Mikage står overfor et gjenforeningsmøte med noen hun trodde hun aldri ville se igjen, og dette setter livet hennes i en ny og farefull retning.
