Link må overvinne ondskap på alle fronter i sin farlige søken for å hjelpe Prinsesse Zelda! En gang i tiden forsøkte trollmenn å erobre det Hellige riket Hyrule. Åndene av lys forseglet trollmennenes makt inne i Skyggekristallen og forviste dem til Twilight-riket bak Speilet av Dusk. Nå prøver en ond trussel å finne Midna, Prinsessen av Twilight-riket, og fragmentene av Skyggekristallen for å oppnå makten til å herske over både Twilight-riket og Lysverdenen. Link og Midna setter kursen mot Snøtoppen for å finne bitene av Speilet av Skygge, som de trenger for å beseire den onde Ganondorf. Link har kjempet mot og overvunnet mange fryktelige fiender på sin ferd for å redde Hyrule og Twilight-riket, men nå begynner Midna å bekymre seg for at alt Link har opplevd, og hans besettelse av makt, endrer ham. Hva vil Link gjøre hvis hans største fiende viser seg å være... seg selv?
