I den dystopiske verdenen av Tokyo Ghoul må man noen ganger bli et monster for å bekjempe dem. Kommisjonen for motarbeiding av ghouler er den eneste organisasjonen som kjemper mot ghoulenes trussel, og de vil bruke alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten fra denne ultimate rovdyr. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med ghoulenes kagune, og gir dem ghouls krefter og evner. Men både prosedyren og det nyformede Qs Squad er utestet. Vil de bli helter… eller monstre? Haise Sasaki har fått i oppdrag å lære Qs Squad hvordan de kan bli fremragende etterforskere, men hans oppgave kompliseres av de urolige personlighetene til studentene og hans egen usikre kontroll over ghouls kreftene hans. Vil han klare å samle dem som et team, eller vil Qs Squads første oppdrag bli deres siste?