I den dystopiske verdenen av Tokyo Ghoul er kampen mot monstre noen ganger uunngåelig, og det er ikke alltid tilstrekkelig å kjempe mot dem – noen ganger må man bli en del av dem. Kommisjonen for Mot-Ghoul (CCG) er den eneste organisasjonen som står imot Ghoul-trusselen, og de bruker alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten fra deres mest fryktede rovdyr. I denne skjulte krigen er deres nyeste våpen en eksperimentell prosedyre som implanterer Kagune fra ghoulene hos menneskelige etterforskere, som gir dem ghoulske krefter og evner. Men både prosedyren og den nyopprettede Qs Squad er ukjente, og man spør seg: Vil de bli helter, eller vil de forvandle seg til monstre selv? I tillegg er mellomleder Matsuri Washu fra CCG plutselig forsvunnet under mystiske omstendigheter, noe som har skapt et maktvakuum som den listige Nimura Furuta utnytter for å ta kontroll. Hans uforutsigbare oppførsel skaper bekymringer blant etterforskerne, men det spesielle showet han fremfører for sin egen ansatte gir ham støtte. Alt kulminerer i en dramatisk finale – den offentlige henrettelsen av forræderen Haise Sasaki!
