I den dystopiske verdenen av Tokyo Ghoul er det noen ganger nødvendig for menneskene å bli monsterne de kjemper mot. Kommisjonen for motangrep mot ghouler (CCG) er den eneste organisasjonen som står imot denne ghoulskrisen, og de er villige til å bruke alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten fra sine ultimate rovdyr. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer en menneskelig etterforsker med en ghoul sin kagune, noe som gir dem gjent med ghouls evner og krefter. Men både prosedyren og den nyopprettede Qs Squad er utestet. Vil de bli helter, eller forvandles de til monstre? Furutas nye metoder har gjort CCG mer dødelig og effektiv enn noen gang, og mer enn 80 prosent av ghouls i Tokyo har blitt utryddet. Kaneki og resten av Goat har samlet overlevende i hønseholdet i den 24. distriktet, men uten tilgang til mat må deres sikkerhet betales med en bitter pris.
