I universet til Tokyo Ghoul representerer kampen mot monstre noen ganger en nødvendighet for å bli en av dem. Kommisjonen for motgass Ghoul er den eneste organisasjonen som aktivt bekjemper Ghoul-trusselen, og de benytter seg av alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten fra denne ultimate rovdyrarten. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghoul sin Kagune, som gir dem overnaturlige krefter og evner. Imidlertid er både prosedyren og det nylige dannede Qs Squad utestet. Vil de bli helter eller monstre? Denne alliansen mellom Ghoul og CCG oppnår sin første seier når de redder Kaneki fra det monsteret som har begravd ham. Men denne skapningen utgjør fortsatt en alvorlig trussel mot byen, ettersom den fortsetter å føde muterte Ghouler, hvorav noen smitter mennesker med en grusom form for Ghoulisme! Den eneste kuren ligger dypt inne i monsterets eget kropp, og Kaneki er fast bestemt på å finne den. Men vil denne handlingen av mot bli det siste angrepet for å avslutte krigen, eller Kanekis siste kamp?
