I den mørke og komplekse verdenen av Tokyo Ghoul er det noen ganger nødvendig å bli et monster for å bekjempe dem. Kommisjonen for motarbeidelse av Ghouler (CCG) er den eneste organisasjonen som står i frontlinjen i kampen mot ghoultrusselen, og de er villige til å ta i bruk alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten mot sin ultimate predator. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghouls Kagune, og gir dem overnaturlige krefter og evner. Men både prosedyren og det nyopprettede Qs Squad er fortsatt uprøvde. Vil de bli helter, eller vil de forvandles til monstre? CCG hadde aldri trodd at det ville være lett å nedkjempe Rosewald-familien, og som forventet, begynner tapene å hope seg opp. Blant de sårede finner vi Haise Sasaki, hvis kritiske skader gjør ham sårbar når fortiden truer med å overvelde ham.
