I den dystopiske verdenen av Tokyo Ghoul er det noen ganger nødvendig å bli et monster for å bekjempe dem. Kommisjonen for bekjempelse av Ghouler (CCG) er den eneste organisasjonen som står imot trusselen fra Ghouler, og de benytter seg av alle tilgjengelige ressurser for å beskytte menneskeheten mot dens ultimate fiende. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghouls Kagune, noe som gir dem overnaturlige krefter og evner. Men både prosedyren og den nyetablerte Qs-enheten er fortsatt uprøvde. Vil de bli helter, eller ender de opp som monstre? Operasjonen Rushima nærmer seg sin sjette dag, og både CCG og Ghouler kjemper på kanten av sine grenser. Under ekstremt psykisk og fysisk press, kommer gamle allianser til syne, og begge sider står overfor vanskelige valg på slagmarken. Uansett hvem som til slutt vinner, har alle allerede tapt for mye.
