Klar for å duelere? I New Domino City er Turbo Duel den heftigste spillsensasjonen, der dueller fights på lynraske motorsykler kjent som Duel Runners. I utkanten av New Domino City, i en bydel kalt Satellite, trer en ny Turbo Duel-helt frem – Yusei Fudo! Med sin spesialbygde Duel Runner er Yusei klar til å ta imot alle utfordrere, mens han kjemper for vennene sine og fremtiden til Satellite. Goodwins plan for å gjenopplive den Ultimate Gud fortsetter, og han organiserer en duel mellom Akiza og Sect som speiler en skjebnesvanger konfrontasjon fra for fem tusen år siden. Yusei har samlet alle Star Tickets og har gått inn i Duel Gate. Selv om han klarer å finne vennen sin, Sect, må han først beseire Skeleton Knight. Men hvis han lykkes, vil han ha styrken som trengs for å konfrontere den Ultimate Gud?
