En ny generasjon duellister har ankommet! År etter Yugi's legendariske kamper har spillet blitt så populært at spesielle institusjoner viet til kunsten av Duel har dukket opp over hele verden. Bli med Jaden Yuki og vennene hans på Akademiet, der de opplever spennende eventyr i den neste epoken av Yu-Gi-Oh! I denne utgaven møter vi James 'Crocodile' Cook, en av de fire duellistene fra USA, som ivrig utfordrer Atticus Rhodes til en duell. Samtidig arbeider Jaden og Chazz for å avdekke flere hemmeligheter om deres åndekort, Winged Kuriboh og Light and Darkness Dragon. Men deres konfrontasjon kan føre til et Shadow Game hvor kun én duelist har sjansen til å overleve!
