I "The Ionian Mission" vender Jack Aubrey og Stephen Maturin tilbake til havene hvor de først seilte sammen som skipskamerater. Jack har nå steget i gradene og er blitt en senior kaptein som leder en linjeskip i Royal Navy, hvor han er involvert i blokkaden av Toulon. Dette kriget er lengre, hardere og kaldere enn de spennende fregatteaksjonene fra hans tidlige dager til sjøs. En plutselig vending fører Jack og Stephen ut på en farlig oppdrag til de greske øyene. Her får Jack anvendt alle sine gamle ferdigheter innen sjømannskap, og hans legendariske flaks når han kjemper under ugunstige forhold, kommer til sin rett på en imponerende måte.