Kimihiro Watanuki er en ung mann plaget av mareritt hvor han stadig ser spøkelser og ånder. I sin søken etter hjelp møter han den mystiske kvinnen Yuko, som påstår at hun har makten til å hjelpe ham. Men det er en prislapp for denne hjelpen; Watanuki må arbeide for Yuko for å kunne betale for tjenestene hennes. Snart befinner han seg i Yuko's butikk, en plass fylt med merkelige og fantastiske situasjoner og kunder som overgår alt han noensinne kunne forestilt seg. Selv om Watanuki blir Yuko's motvillige assistent, er han likevel fascinert av de utrolige eventyrene som følger med hans nye jobb for 'romtidsheksa'.
